Detyrat dhe përgjegjësitë e Departamentit për Organizata Joqeveritare janë:

1. Administron politikat që lidhen me regjistrimin, raportimin financiar dhe bashkëpunimin me institucionet relevante dhe OJQ-të;
2. Pranon, analizon dhe vendosë për kërkesat për regjistrim të OJQ-ve;
3. Pranon, shqyrton dhe vendosë për kërkesat për status të përfitimit publik (SPP) të OJQ-ve;
4. Lëshon certifikata për regjistrim dhe SPP të OJQ-ve;
5. Pranon dhe analizon raportet vjetore mbi pasqyrat financiare të OJQ-ve;
6. Administron bazën e të dhënave për OJQ-të e regjistruara.

Në kuadër të këtij departamenti bëjnë pjesë divizionet si vijon:

1. Divizioni i Regjistrimit të OJQ-ve;
2. Divizioni i Raportimit Financiar të OJQ-ve.