Dužnosti i odgovornosti Odeljenja za nevladine organizacije su:

1. administrira politike povezane sa registracijom, finansijskim izveštavanjem i saradnjom sa relevantnim institucijama i NVO-ima.
2. prihvata, analizira i odlučuje o zahtevima za registraciju NVO-a;
3. prihvata, razmatra i odlučuje o zahtevima NVO-a za status javne koristi (SJK);
4. izdaje sertifikate za registraciju i SJK NVO-a;
5. prima i analizira godišnje izveštaje o finansijskim izveštajima NVO;
6. administrira  bazu podataka za registrovane NVO-e.

U okviru ovog Odeljenja nalaze se sledeće divizije:

1. Divizija za registraciju NVO-a;
2. Divizija za finansijsko izveštavanje NVO-a.